La forteresse vénitienne qui couronne l'affleurement a servi de dernière léproserie active d'Europe jusqu'en 1957, et en l'espace d'une décennie, les pêcheurs locaux ont commencé à transporter les visiteurs curieux à travers le détroit dans des kaïkia en bois. Dès les années 1970, des bateaux d'excursion spécialement conçus partaient quotidiennement, leurs itinéraires longeant la rive nord de la baie de Mirabello pour atteindre non seulement Spinalonga, mais aussi la cité gréco-romaine engloutie d'Olous, submergée sous des eaux turquoise peu profondes depuis le IVe siècle après J.-C.
Aujourd'hui, les excursions en bateau au départ d'Elounda constituent le principal moyen d'accès à Spinalonga, qui accueille plus de trois cent mille visiteurs par an et demeure l'un des sites archéologiques les plus visités de Grèce en dehors du bassin athénien. La traversée standard dure douze minutes ; des itinéraires plus longs font une boucle vers le sud en passant devant la péninsule de Kolokytha, où des chapelles byzantines s'accrochent aux falaises au-dessus de plages de galets isolées. Les excursions à la journée au départ d'Elounda en Crète étendent le périmètre : les trajets à la demi-journée font une halte à Plaka pour déguster du poulpe grillé et du vin, tandis que les expéditions à la journée atteignent la lagune bordée de palmiers de Vai ou longent le cap oriental vers l'île de Mochlos, site d'une colonie minoenne ancienne dont les fondations en pierre sont visibles à travers six mètres d'eau cristalline.
Les navires eux-mêmes reflètent l'évolution des attentes des passagers. Les caïques en bois traditionnels avec poupe couverte assurent toujours les départs matinaux pour Spinalonga, leurs ponts imprégnés d'odeurs de vernis et de diesel. Des catamarans à fond de verre sont entrés en service en 2018, permettant aux passagers d'observer les herbiers marins et les repaires de poulpes sans équipement de plongée. Les croisières au coucher du soleil avec dégustation de vin — une catégorie qui existait à peine avant 2010 — représentent désormais près d'un quart des réservations estivales, leurs itinéraires étant minutés pour capturer les reflets de l'alpe sur la chaîne de Dikti alors que le bateau dérive au large de Kolokytha.
Le port principal d'Elounda reste le point d'embarquement pour la quasi-totalité des services réguliers. Les opérateurs se regroupent le long du quai est, leurs guichets ouvrant à huit heures chaque matin. Les trajets en bateau d'Elounda à Spinalonga fonctionnent en continu entre neuf heures et dix-sept heures, avec des départs toutes les trente à quarante minutes pendant la haute saison. Les frais d'entrée du site archéologique, s'élevant à vingt euros, sont perçus sur l'île même, payables à une cabine en pierre juste à l'intérieur de la porte vénitienne. Les voyageurs indépendants privilégient les départs en milieu de matinée, lorsque l'intérieur de la forteresse est encore ombragé et que les foules des navires de croisière ne sont pas encore débarquées à Agios Nikolaos.
4 h 30 min
